En el presbiterio, dominado por una vez en crucero decorado con motivos vegetales en 1905, ex magno pietatis opere, se pueden admirar dos lienzos: uno en el lado derecho, que representa a San Leonardo de Noblat mientras intercede por la liberación de las cadenas del maligno, y la otra en la parte opuesta, que representa a la Virgen de la Sabiduría (ambos de iglesias que ya no existen).
En la capilla lateral izquierda, dedicada a San José, se encontraba el ciborio del SS. Sacramento del año 1494, obra probable del maestro Giorgio de Milán, también este último fue separado y transportado a la nueva Matriz al final del siglo XIX.
La estatua de madera dorada de San José, en cambio, proviene de una iglesia homónima que se encontraba en el área del castillo. Esta imagen, esculpida por Francesco Reyna y pintada por Vincenzo Di Giovanni (los mismos autores de la estatua de San Andrés Apóstol en la homónima iglesia) fue encargada por Antonino Mogavero hacia los años ochenta del siglo XVII (Scileppi, op. cit.). Dentro de la misma capilla se encuentran dos lienzos que representan respectivamente la Última Cena y el Niño Jesús en la orilla de un río que pesca los corazones (ambos de 1767).
Otras dos pequeñas telas, de forma ovoide, se encuentran detrás de San José: en el lado derecho el Corazón de Jesús (donde se lee ex devotión magister Dominici De Maio, año 1767), en el izquierdo el Buen Pastor del mismo estilo que el otro.
La presencia de estas dos telas, que representan sujetos cristológicos-eucarísticos, confirman que en el ábside de la misma capilla se colocó la marmoria custodia eucarística hoy admirable en la Capilla del SS. Sacramento de la Matriz Nueva. El edificio de la iglesia alberga varias capillas con sus imágenes sagradas.
En la pared del lado derecho, junto a la pequeña estatua de Santa Catalina de Siena, está la capilla con un lienzo que representa a Santo Domingo, el fundador de la Orden de los Predicadores. Más adelante está la capilla con la estatua de madera, presumiblemente de finales del siglo XVI, que representa a la Virgen del Socorro llamada «Virgen del bate», procedente de una iglesia homónima ubicada en el barrio de la espiga pero hoy ya no existente.
Sigue una pequeña imagen del arcángel Miguel y un púlpito de madera fina que sobre el respaldo lleva esculpido el escudo de los Señores Ventimiglia. Así, como en el piulpito de la Iglesia Madre, también aquí hay un brazo sobresaliente que sostiene en la mano un precioso Crucifijo de marfil del siglo XVII con un cartílago en el que está escrito – I.N.R.I. Jesús Nazareno Rey de los Judíos – en tres idiomas: latín, griego y hebreo.
En la pared del lado derecho está dedicada a escenas de la Pasión del Señor: la capilla con el lienzo que representa la Flagelación de Cristo a la columna, realizada por María Culotta en 1719; la capilla del Crucificado con los pies de la Virgen de los Dolores y, por último, la Urna con el Cristo muerto de brazos articulables, estatua de madera de la segunda mitad del siglo XVII, atribuible a los maestros de la escuela de Fraile Humilde de Petralia.
Sobre la urna hay un lienzo que representa la Deposición de Cristo de la Cruz, estilísticamente muy similar a las obras del Caravaggio con los típicos juegos del claroscuro. En el pasado – como se desprende de antiguos documentos del clero de Gratteri custodiados en el Archivo de Sato de Palermo – había también un altar dedicado a San Lázaro y Santa María Magdalena, del que todavía hoy se conserva un pequeño lienzo, imitación de la recién descubierta del Caravaggio.
Sobre la puerta de la entrada, por último, hay una cantoría de madera que alberga el órgano más antiguo custodiado en Gratteri, el del siglo XVIII. Junto a la iglesia, dentro del recinto del desaparecido castillo de los Ventimiglia, surge una torre campanaria con una cúspide octagonal que alberga siete campanas de distinta magnitud (procedentes de diversas iglesias), renovada en 1936 por el emérito ciudadano Carmelo Cirincione.
Una de estas campanas lleva la fecha de 1390; otra la de 1587, hecha por devoción a San Leonardo por Pedro y Carlos Ventimiglia; la del Rosario fue realizada en 1712. En la iglesia tienen sede las dos Cofradías más antiguas de Gratteri: la del SS. Sacramento, bajo el título de San José, y la de la Virgen del Rosario fundada en 1570.
